A l'opposé de ces sociétés, on trouvait 3 grands Empires ayant partie prenante sur le territoire

Le Kanem, capitale: N'Djimi, très structuré autour de l'alifa (chef) de Mao, ses ouvertures vers l'extérieur, se faisaient par le biais de caravanes d'esclaves et de plumes d'autruche. Sa zone d'influence ne dépassait guère vers le sud les limites du 16ème parallèle.

Le Baguirmi, capitale Massenia, vivait de razzia vers le sud. Assez peu structuré au niveau administratif.

Le Ouaddaï, capitale Abéché, construit sur de petites unités politiques il avait une tradition d'organisation. Il contrôlait vers le milieu du 19ème siècle, un territoire de 250 000 km², et levait tribut jusque dans les empires voisins. Sa capitale, centre commercial très actif, est une ville étape sur la route de la Mecque.