- Le conflit éclate le 12 février 1979.

Le 19 février 1979, un cessez le feu est décidé.
Hissene Habré reste maître de la capitale, Kamougue se replie vers le sud, Malloum est débouté.

- Il faut attendre le 10 novembre 1979 pour qu'un Gouvernement d'Union Nationale de Transition, le ( GUNT ), soit créé à Lagos, après réunion de toutes les factions tchadiennes.

- Goukouni est président.
- Kamougue est vice-président.
- Hissene Habré est ministre de la défense.

Le 21 mars 1980, guerre dans la capitale entre Habré et Goukouni; les chars libyens, venus appuyer Goukouni entrent dans N'Djamena. Hissene Habré se replie dans un cirque montagneux dans le nord d'Abéché. ( épisode du camp des martyrs, 2500 opposants furent massacrés).

Novembre 1981, au sommet franco-africain de Versailles, Goukouni promet de demander l'évacuation des libyens. Le 15 décembre, les troupes commencent à quitter N'Djamena, 15 jours plus tard, tout est terminé.

Janvier 1982, Hissene Habré occupe Abéché puis Faya et Fada.

Le 07 juin 1982, il entre en vainqueur dans la capitale. Un nouvel acte constitutionnel fait de lui
le nouveau président du Tchad.